W ramach działań innowacyjnych firma prowadzi ciągłe poszukiwania nowych rozwiązań i wartości dodanych w stosunku do produktów już istniejących na rynku, w celu podniesienia konkurencyjności i atrakcyjności swojej oferty produktowej. Firma ściśle współpracuje z naukowcami i ekspertami z wielu dziedzin z całego kraju m.in. z: Uniwersytetu Medycznego w Łodzi, Akademii Medycznej w Warszawie i Gdańsku, Polskiej Akademii Nauk.

AFLOFARM prowadzi własne prace badawczo-rozwojowe, oparte na zespole zatrudnionych w firmie specjalistów z różnych dziedzin (farmacja, chemia, analityka, marketing). W wyniku prac i analiz rynku powstają projekty nowych produktów, zakładające w większości przypadków, że nowy produkt będzie posiadał element innowacyjności pod względem składu, zastosowania, opakowania, postaci, cech organoleptycznych itp.

AFLOFARM Fabryka Leków Sp. z o.o. w 2007 roku otrzymała wyróżnienie Kapituły Konkursu Lidera Nowoczesnych Technologii za Innowacyjny Produkt - Nosaller (preparat przeciwalergiczny z innowacyjną formułą aktywną). A w 2008 roku uzyskała tytuł: Lidera Nowoczesnych Technologii.

MGB6 - otrzymał nagrodę Produkt Roku 2008 w zakresie "Preparaty z magnezem". Tytuł przyznany przez Wydawnictwo "Apteka" Sp. z o.o. i publikację "Świat farmacji" na podstawie ankiety przeprowadzonej wśród polskich farmaceutów.

Lokomotiv - otrzymał nagrody "Dobre bo polskie" oraz "Złoty Lek".

AFLOFARM kilkukrotnie został wyróżniony nagrodą Gazel Biznesu dla najbardziej dynamicznie rozwijających się firm.

AFLOFARM uzyskał także certyfikat "Przedsiębiorstwo Fair Play".